El Protocolo al Tratado General de la Integración Centroamericana, suscrito por los Presidentes Centroamericanos en 1993, enfatizó la necesidad de perfeccionar y vigorizar sustancialmente la infraestructura física de los puertos de Centroamérica para insertar su economía en los mercados mundiales.

A fin de crear un marco para la aplicación del plan de acción que permita operar la Agenda, la COCATRAM diseñó el Código de Conducta Ambiental para la Gestión Portuaria en Centroamérica, el cual fue aprobado por la XXVII REPICA, Reunión de Empresas Portuarias del Istmo Centroamericano en Guatemala, el 11 de mayo de 2007.

La naturaleza del código es de aplicación voluntaria en el cual se prioriza el cumplimiento de la legislación ambiental de cada país y los compromisos regionales e internacionales, en el cual las autoridades portuarias de cada país puedan retomar en dependencia de sus actividades, prioridades y recursos para que de manera gradual cada país logre en corto y mediano plazo establecer un sistema que controle y disminuya el impacto ambiental de las actividades portuarias.